南朝，指東晉之后偏安江 左的四個王朝，即宋(公元420—479年)、齊(公元479—502年)、梁(公元502—557年)、陳(公元557—589年)。從形式上看，南朝官制基本沿用魏晉制度，所以《隋書·百官志》上說：“魏晉繼及，大抵略同(指與東漢官制)。爰及宋齊，亦無改作。梁武受終，多循齊舊。陳氏繼梁，不失舊物?！钡珡墓賳T實際權(quán)力的運作看，又有明顯的變化。變化最大的是中書省。自劉宋以后，中書監(jiān)、令雖仍由門閥士族出身的官員擔(dān)任，但實權(quán)逐漸轉(zhuǎn)移于中書舍人。這是因為南朝建國的幾個皇帝都是寒門出身的武將，對士族出身的尊官無法指揮，不得不引用寒門出身、地位較低的中書舍人，寄以腹心之任。所以，宋、齊、梁、陳四朝的中書舍人號為“恩幸”，擁有很高的權(quán)威。中書舍人往往又兼任員外散騎侍郎、給事中，這樣，中書、門下兩省皆在“恩幸”的掌握之中。故清朝學(xué)者趙翼概括南朝官制的特點是“寒人掌機要”(《廿二史札記》卷八)。這一特點反映了當(dāng)時社會士族衰落，寒族崛起的趨勢。

其次是門下省。門下省長官仍為侍中。宋文帝元嘉初年，侍中地位“冠冕一時”(《宋書·殷景仁傳》)，權(quán)勢甚重。以后逐漸受到冷落，大權(quán)旁落。南朝又從門下省分立集書省，以散騎常侍為長官，其下有通直散騎常侍、員外散騎常侍、散騎侍郎、給事中、奉朝請等。門下省的主要任務(wù)是“封璽書”，即下行詔敕經(jīng)過門下省審核，畫可后付相關(guān)機構(gòu)執(zhí)行。集書省“省諸奏聞文書，意異者，隨事為駁”(《隋書·百官志》)，也就是說，上行文書要經(jīng)過集書省的審駁。不過門下省也好，集書省也好，南朝皇帝并不授給侍中、散騎常侍以實權(quán)。掌握實權(quán)的是員外散騎侍郎和給事中。這兩個職位往往由中書舍人兼任，所以門下省大權(quán)也歸于“恩幸”之手。直到隋朝，集書省才又歸并于門下省。

南朝尚書省機構(gòu)設(shè)置沒有太大的變化。省中官吏都是門閥中人，朝廷上的尊官。在中書、門下兩省掌握決策、審議職能的情況下，尚書省的權(quán)力有所減弱，一般不再當(dāng)面奏事，也不參與決策中樞的議政，只是以九卿領(lǐng)袖身份處理日常行政事務(wù)。不過尚書省畢竟是內(nèi)外行政事務(wù)的匯集處，尚書省令、仆射更是地位尊貴，諸曹尚書“各有恒任”，當(dāng)皇權(quán)有所削弱或新君繼位的時候，皇權(quán)下的權(quán)力中心往往又復(fù)歸尚書省。

南朝官制也有不同于魏晉之處。下面分別加以敘述：

劉宋設(shè)官，雖大略如晉，但所設(shè)將軍名號比東晉要繁雜得多。帶將軍稱號不一定統(tǒng)軍，中央要職及地方軍政長官通常都有各種將軍頭銜，將軍稱號成為較高地位的一種標(biāo)志。中央派往各地的鎮(zhèn)將不用士族，改由諸王充任，皇帝則另派自己的親信充典簽官，代鎮(zhèn)將掌實權(quán)或分掌實權(quán)，并監(jiān)視鎮(zhèn)將的舉動，稱作“簽帥”。在地方的建置上，劉宋王朝省去許多僑郡、僑縣。在少數(shù)民族地區(qū)設(shè)中郎將、校尉等官，如平越中郎將、西戎校尉、南蠻校尉、寧蠻校尉等。在劃分官員的等級上，官品(九品制)與祿秩(石)并用，但高低往往不相應(yīng)合，較為混亂。

齊朝官制變化更小0《南齊書·百官志》說：“齊受宋禪，事尊常典，既有司存，無所偏廢?！敝皇窃O(shè)官比劉宋更為繁密。官秩用九品制，但州刺史仍稱二千石。

梁朝官制較劉宋、蕭齊變化為多。梁武帝在選用官吏上，宗室、士族、寒族并用，使官員的數(shù)量大大增多。顯著的變化有四個方面。第一，梁武帝鑒于宋、齊用典簽官監(jiān)臨諸王，權(quán)力雖然集中于皇帝之手，但骨肉相殘，政局不穩(wěn)，于是取消了典簽官監(jiān)臨諸王的體制，使諸王成為握有實權(quán)的鎮(zhèn)將。第二，諸卿按春、夏、秋、冬劃分，共十二卿。春卿是太常卿、宗正卿、司農(nóng)卿。夏卿是太府卿、少府卿、太仆卿。秋卿是衛(wèi)尉卿、廷尉卿、大匠卿。冬卿是光祿卿、鴻臚卿、大舟卿(原都水使者)。第三，宮職中大長秋掌管宦者。太子宮增設(shè)東宮常侍，例由散騎常侍兼領(lǐng)。第四，職爵秩繁雜。梁朝除王之外，實行公、侯、伯、子、男五等爵制。官員等級以品級與祿秩并行。天監(jiān)七年(公元508年)，又定百官九品為十八班。如丞相、太尉等為十八班，尚書令為十六班，中書監(jiān)為十五班，御史中丞為十一班，郡太守為十班，縣令、長為七班。武職將軍號一百二十五種，分為十品、二十四班。不入十品的將軍，另分為八班，共有名號十四種。普通三年(公元522年)，又置將軍號一百種。大通三年(公元529年)經(jīng)修改頒為定制，凡將軍名號二百四十二個，三十四班。這種班與俸祿、官職關(guān)系不大，只作為官員升降的順序。

陳朝官制承襲梁朝，變動極小，唯品秩立為九品。如尚書令為一品，中書監(jiān)為二品，侍中、散騎常侍、御史中丞三品，郡太守五至七品，縣令、長八至九品。

此外，南朝職官有清濁之分。當(dāng)時所稱的清官、濁官與后世清官、貪官不是一回事。清官，指職務(wù)清要的官位；濁官，指武職或職務(wù)繁雜的官位。由濁入清，則是官員們所企盼的。這種官分清濁的現(xiàn)象，在北朝也同樣存在。